- SIFT和SIFT4G，建议使用SIFT4G,而且支持多种物种 -Polyphen2-HVAR和Polyphen2-HDIV，只支持人类，整合3D结构特征
- LRT，
- MutationTaster2 在线工具，只支持人类,可以根据疾病来选择，同时支持单个的预测
- MutationAssessor 在线工具，人类癌症方向
- metaSVM
- metaLR
- 和 人类数据
- VEST4 只支持人类
- PROVEAN 支持人类和小鼠
- FATHMM可以分为 编码和编码, 只支持人类癌症和疾病
- fitCons x 4
- LINSIGHT ，
- DANN，
- GenoCanyon，
- Eigen，
- Eigen-PC，
- M-CAP，
- REVEL，
- MutPred，
- MVP，
- MPC，
- PrimateAI，
- GEOGEN2，
- BayesDel_addAF，
- BayesDel_noAF，
- ClinPred，
- LIST-S2，
- ALoFT
PhyloP x 3， phastCons x 3， GERP ++， SiPhy 和 bStatistic 以及其他相关信息，包括 在1000个基因组计划第3阶段数据中观察到的等位基因频率 ，UK10K队列数据，ExAC协会数据，gnomAD数据和NHLBI外显子组测序计划ESP6500数据，来自不同数据库的各种基因ID，基因功能描述，基因表达和基因相互作用信息等。
某些dbNSFP内容（虽然可能不是最新的）也可以通过 variant tools、ANNOVAR、KGGSeq、VarSome
UCSC基因组浏览器的
Variant Annotation Integrator、Ensembl VEP、SnpSift 、 HGMD